Problem solved.
Je kan wel 5V op de Aref (analoge referentiespanning) van de netduino zetten, en dan 0-5V op de analoge ingang meten, maar dat heeft geen zin (vandaar de rare waardes) omdat de duino zelf maar 3.3V is.
Als je 3.3 op de Aref zet en zorgt dat je met de potentiometer 0-3.3V maakt, dan lees je op de analoge poort netjes 0-1023 uit. Cool.